A finales del siglo XVII el Obispo, Rvdo. Don Juan de Isla, propuso levantar un convento de Carmelitas Descalzos en la Isla de León. La fundación del convento, de momento provisional, se materializó en 1680, llegando en mayo de ese mismo año los primeros monjes. La primitiva iglesia, de reducidas dimensiones, congregó a una gran cantidad de fieles y simpatizantes de la orden, por lo que desde los últimos años del siglo se consideró la necesidad de construir un nuevo templo de mayores proporciones. La nueva iglesia, cuya fábrica fue dirigida por Juan de San Román, fue inaugurada en 1733.

Es una iglesia de planta de cruz latina. Destacan en su conjunto, los elementos barrocos como los frontones con línea superior curva sobre las ventanas, e incluso el frontón del mismo tipo sobre la puerta principal, abierto en su parte superior para acoger la base de la hornacina, destacando así su presencia. También presenta aspectos neoclásicos como las simetrías de los vanos, las pilastras adosadas e incluso el frontón liso que remata la fachada.En esta iglesia, el día 4 de octubre de 1813 volvieron a reunirse las Cortes, ya ordinarias, una vez que vuelven de Cádiz, debido a la imposibilidad de hacerlo de nuevo en el Teatro de las Cortes. El 29 de noviembre se suspendieron las sesiones, ordenándose el traslado de las Cortes a Madrid, donde tendría lugar la primera sesión el 15 de enero de 1814. La fecha oficial para el traslado del Congreso desde la Isla a Madrid fué el 19 de diciembre. Previamente, el 27 de noviembre, las Cortes concedieron a la Villa de la Real Isla de León el título de ciudad con el nombre de San Fernando.